Akacuki dopadli dalšího hostitele, Naruto ovládl novou techniku a Sasuke se vymanil z vlivu Oročimarua. Po přeskupení sil a doplnění týmů se nyní vydávají završit své plány. Naruto doufá v Sasukeho návrat, Deidara se chce pomstít Narutovi a Sasuke netouží po ničem jiném než zabít svého dlouho nenáviděného bratra.
Zatímco se Šikamaru potýká s Hidanem, Naruto stojí před vlastní výzvou. Nejen že musí porazit zloděje srdcí Kakuzua, ale také musí prokázat, že jeho dosavadní trénink přinesl nějaké výsledky a má znovu šanci dohnat Sasukeho. Jenže ani ten nezahálí. Odmítá se odevzdat Oročimaruovu rituálu na převzetí těla a zahajuje protiútok.
Po prohraném střetu s Akacuki prahne Šikamaru po pomstě. Cunade nejprve nový útok zapovídá, ale poté, co se k plánu přidávají i Kakaši s Narutem, nakonec souhlasí. Všichni cítí, že tentokrát to bude jiné. Šikamarua je možné překvapit jednou, ale nestává se, že by se to někomu povedlo opakovaně.
Zatímco Naruto pokračuje ve vyčerpávajícím tréninku nové bojové techniky, Hidan s Kakuzuem, další dvojice Akacuki, pronikají hlouběji do Ohňové země. Do cesty se jim staví speciální útočný tým vedený mistrem Azumou, a rozhodně nepůjde o snadný střet. Mají nindžové z Konohy vůbec šanci porazit soupeře, o kterých kolují zvěsti, že nemohou zemřít?
Po návratu z mise přepadá Sakuru i Naruta trudomyslnost. Nejen, že nezvládli přivést Sasukeho zpět, ale zároveň se jim schopnostmi opět vzdálil. Naruto proto nastupuje nový speciální trénink. Mezitím Akacuki unášejí další hostitele ocasatých démonů a jejich síly se stahují blíž a blíž Konoze.
Tým 7 konečně doráží do Oročimaruovy skrýše. Od Saie se dozvídají o zradách a zákulisní politice spojené s dalším Oročimaruovým pokusem o vpád do Konohy a Naruto se konečně setkává se Sasukem. Bohužel stejně jako před třemi lety, ani tentokrát se Sasuke nemá k návratu...
Gaara je zachráněn a tým 7 se vrací do Skryté listové. Doma je však nečekají nejlepší zprávy. Kakaši, vyčerpaný použitím kaleidoskopu, na mise hned tak nevyrazí a ani Naruta by vedení po čerstvých zkušenostech s Akacuki nevidělo na misích bez dozoru rádo. Jenže čas na záchranu Sasukeho se krátí. Naštěstí se nachází náhradní člen týmu – tajemný Sai.
Boj mezi babi Čijo, Sakurou a Sasorim vrcholí. Loutkář Akacuki vrhá do boje čím dál nebezpečnější techniky, Čijo ustupuje a Sakura začíná zjišťovat, jak hrozná musela být válka nindžů. Mezitím Naruto s Kakašim konečně dohánějí Deidaru prchajícího s tělem kazekageho. Podaří se stařence v doprovodu nezkušené medičky přežít střet s vlastním vnukem?
Naruto se svým týmem spěchá po stopách Gaarových únosců, ale situace se komplikuje rychleji, než kdo předpokládal. Z Konohy sice dorážejí posily, ale i ony se musejí potýkat s nečekanými protivníky.
Od vpádu Oročimarua do Konohy a Sasukeho útěku uplynuly už více než dva roky. Naruto se se svým mistrem po náročném tréninku vrací do rodné vesnice a zjišťuje, že ani ostatní nezaháleli. Každý z bývalých studentů nindža akademie ušel velký kus cesty a jsou dnes nesrovnatelně silnější než dřív. Jenže nejsou sami.
Mise na záchranu Sasukeho skončila nezdarem. Nikdo z Šikamaruova týmu sice nepřišel o život, ale nálada mezi mladými nindži není nejlepší. Všichni mají pocit, že mohli udělat víc. Sakura prosí Cunade, aby ji vzala do učení a Džiraija zjišťuje, že do dalšího střetu s Oročimaruem mají tři roky čas.
Naruto nehodlá dopustit, aby se Sasuke přidal na stranu Oročimarua, vraha Třetího Hokageho a stal se tak zrádcem Skryté Listové. Dlouho očekávané měření sil dvou rivalů je nevyhnutelné.
Pečeť je zlomená, Sasuke se probouzí. Místo radosti nad kamarádovým návratem však čeká Naruta trpké prozření. Jeho rival se odmítá vrátit a v touze po moci pokračuje v cestě za Oročimaruem. Zmatený Naruto přenechává zbytek bitvy přátelům a vrhá se za Sasukem. Netuší, jak temné vzpomínky skrývá dědic kdysi slavného klanu Učihů.
Jako kdyby situace nebyla už tak zoufalá, zapojuje se do boje i bývalý vůdce Oročimaruových nindžů, Kimimaro. Šikamaruův tým v tu chvíli bojuje o holý život a i v Narutovi začínají hlodat pochybnosti, jestli se mu podaří dostát slibu a přivést Sasukeho zpět.
Šikamaruův tým konečně dostihl Oročimaruovy poskoky prchající se zapečetěným Sasukem do náruče svého pána. Začíná boj a krom Sasukeho jsou v sázce životy všech zúčastněných. Nindžové ze Zvučné nebudou brát zajatce. Bojové zkušenosti se začínají projevovat, Šikamaruův tým kolísá a jeho intelekt je zvolna zatlačován do kouta.
Naruto se pomalu mění z třídního šaška v bojovníka... ale teď bude muset udělat další zásadní krok, pokud se chce stát největší nindžou z vesnice Kohona. Stal se svědkem tragédie a roste v něm vztek. A to je pro kluka, který v sobě ukrývá devítiocasého liščího démona, velmi nebezpečné.
Tým pod Šikamaruovým vedením konečně dostihl čtveřici nindžů ze Skryté zvučné, doprovázející Sasukeho v cestě za novým pánem. Oročimaruovi oblíbenci neberou mladé bojovníky z Konohy jako hrozbu a tak se jim staví po jednom. Jako by to nestačilo, hrdinům se do cesty staví pavoučí nindža Kidómaru. Přichází Nedžiho chvíle.
Poté, co zahlédl demonstraci Narutových schopností se po chvíli váhání Sasuke rozhoduje opustit Konohu a následovat čtveřici nindžů ze Skryté zvučné, kteří ho doprovodí k Oročimaruovi. Takový krok není možné nechat bez odezvy a tak Cunade vysílá čerstvě povýšeného Šikamarua na první misi. Jeho úkolem je sestavit vlastní tým a přivést Sasukeho zpět.
Cunade se ujímá své role v čele Konohy, ale nezapomíná prohlédnout zranění Kakašiho, Sasukeho a Leeho. Zatímco první dva se uspokojivě uzdravují, Leeho čeká otřesná zpráva. Jeho kariéra nindži předčasně končí. Jedinou šancí je náročná operace, při které může zemřít. Mezitím se život v Konoze pozvolna vrací do starých kolejí.
