Projekt Fénix je těsně před dokončením – a mezi bratrstvem a templáři je to na ostří nože. Nový svět je už skoro tady a pouze Charlotta a její noví spojenci mají vědomosti a schopnosti, aby zachránili lidstvo před zničením!
Bratrstvo má problémy. Dlouhý souboj s Templáři vyčerpal veškeré jejich zdroje a teď se zoufale snaží udržet si pozici ve světě, který se stále mění. Mohlo by být pro ně řešením spojit své síly s tajemnou organizací… pokud se jim podaří překonat nepřekonatelné rozdíly. A pokud se hrdince podaří přežít další cestu do minulosti.
Charlotta se pokouší nalézt stopy tajného hackerského kolektivu Erudito, který by asasínům mohl pomoci zmařit plány templářů. Tajemství se však ukrývá hluboko ve vzpomínkách jejích předchůdců – Inků! A ti žili v zatraceně nebezpečném světě...