Poté, co byl ve městě zpozorován Man-Bat, po něm začíná pátrat Scooby-Doo s detektivním týmem Záhady s.r.o. Záhy zjistí, že nejsou jediní, kdo se o netvora zajímá – po jeho stopách se vydali i Batman s Robinem. Velké nadšení nastane, když naše hrdiny přizvou ke spolupráci jejich velké vzory – spolek super-detektivů známý jako Záhadologové z Gotham City.