Myšlení Josefa Šafaříka, který vždy očekával více od jednotlivce než od společnosti a varoval před intelektuálním a etickým konformismem, je prodchnuto hlubokým humanismem. K jeho zájmu o osobnosti, jako byl Sókratés, Ježíš, Dorothee Sölleová nebo Hans Küng, jej vedly osobní sympatie i snaha pochopit, v čem spočívá pravé lidství.