Speciálně vycvičený bývalý člen jednotky FOXHOUND agent Solid Snake je povolán zpět do akce, aby se znovu věnoval tomu, co umí nejlépe – zabránil krizi celosvětových rozměrů. Vražedný tým odpadlíků jednotky FOXHOUND převzal kontrolu nad zařízením pro likvidaci nukleárních zbraní na aljašském ostrově Shadow Moses.