Lekárska mikrobiológia (2. vydanie)

Úvod

Kapitola 1 Všeobecná mikrobiológia
Kapitolu zostavila Adriána Liptáková

1.1 Zásady práce v mikrobiologickom laboratóriu, zásady odberu, spracovania a uchovávania materiálu pre mikrobiologickú diagnostiku

1.2 Klasifikácia baktérií

1.3 Tvar a štruktúra bakteriálnej bunky

Tvar a usporiadanie bakteriálnych buniek
Štruktúra a organizácia bakteriálnej bunky
Vnútrobunkové štruktúry baktérií
Bunková stena baktérií a štruktúry súvisiace s bunkovou stenou
1.4 Rast a metabolizmus mikroorganizmov

Rast a množenie baktérií
Bakteriálna výživa
Rast baktérií v organizme hostiteľa a v laboratórnych podmienkach
Využitie poznatkov o raste a metabolizme baktérií pri laboratórnej diagnostike infekčných chorôb
1.5 Genetika baktérií

Genetická informácia
Bakteriálny genóm
Replikácia DNA
Transkripcia a regulácia génovej expresie
Translácia
Horizontálny transfer génov
1.6 Vznik a priebeh bakteriálnej infekcie

Zdroj infekcie
Cesta prenosu a brána vstupu
Výsledok interakcie baktérií a človeka
Klinický priebeh infekčnej choroby
Výskyt infekčných chorôb
1.7 Patogénnosť, faktory virulencie a patogenetické mechanizmy baktérií

Prenos a vstup baktérií do organizmu
Adhézia baktérií na povrchy hostiteľa a ich kolonizácia
Unikanie baktérií pred obrannými mechanizmami hostiteľa
Invázia a poškodenie štruktúr a funkcií organizmu hostiteľa baktériami
Tvorba biofilmu
Regulácia tvorby faktorov virulencie
Význam štúdia faktorov virulencie pre diagnostiku, liečbu a prevenciu infekčných chorôb
1.8 Fenotypová adaptácia baktérií vo vonkajšom prostredí a v organizme človeka

Environmentálny stres a baktérie
Bakteriálny biofilm a odolnosť voči antibakteriálnym látkam
Subpopulácie baktérií tvoriace drobné kolónie (SCV formy)
Metabolicky neaktívne perzistujúce baktérie
Fenotypová adaptácia a antibakteriálna terapia
1.9 Laboratórna diagnostika bakteriálnych ochorení

1.10 Antibakteriálna liečba

Antibiotiká a chemoterapeutiká s antibakteriálnym účinkom
Rozdelenia antibiotík podľa chemickej štruktúry a cieľového miesta zásahu v bakteriálnej bunke
Rezistencia baktérií voči antibiotikám a antibakteriálnym chemoterapeutikám
Antibiotiká používané v liečbe infekčných chorôb
Antiseptiká a liečba infekčných chorôb
Ďalšie prípravky vhodné na antibakteriálnu liečbu
Imunomodulátory mikrobiálneho pôvodu (IMO)
1.11 Klasifikácia vírusov, štruktúra a replikácia

Klasifikácia vírusov
Štruktúra vírusov
Vírusová replikácia
1.12 Patogenéza vírusových infekcií

Interakcia vírusu s bunkou
Interakcia vírusu s organizmom
Obrana organizmu voči vírusovej infekcii
Imunopatologické javy
Epidemiologické aspekty patogenézy
Prežívanie vírusu v populácii a kontrola infekcie
1.13 Laboratórna diagnostika vírusových ochorení

Odber a transport biologického materiálu
Priama diagnostika
Nepriama diagnostika
Diagnostický algoritmus
Interpretácia výsledkov laboratórnych vyšetrení
1.14 Antivírusová liečba

1.14.1 Antivirotiká pre liečbu herpetických infekcií
1.14.2 Antivirotiká pre liečbu chrípky
1.14.3 Antivirotiká pre liečbu covid-19
1.14.4 Antivirotiká na liečbu niektorých iných infekcií
1.14.5 Liečba chronických vírusových hepatitíd
1.14.6 Antivirotiká na liečbu infekcie HIV

1.15 Klasifikácia medicínsky významných parazitov, štruktúra a replikácia

1.15.1 Medicínsky významné prvoky
1.15.2 Medicínsky významné helminty

1.16 Patogenéza parazitárnych infekcií

1.17 Laboratórna diagnostika parazitárnych ochorení

1.18 Antiparazitárna liečba

1.18.1 Antiprotozoiká
1.18.2 Antihelmintiká

1.19 Úvod do mykologie, obecné vlastnosti a morfologie hub, klasifikace medicínsky významných hub

1.19.1 Obecné vlastnosti medicínsky významných hub
1.19.2 Morfologie mikromycet
1.19.3 Klasifikace medicínsky významných hub

1.20 Medicínsky význam hub a patogeneze mykotických infekcí

1.20.1 Mykobiom
1.20.2 Houby a lidská onemocnění
1.20.3 Patogeneze mykóz a faktory virulence hub

1.21 Laboratórna diagnostika mykotických ochorení

1.21.1 Odbery klinického materiálu u mykotických ochorení
1.21.2 Diagnostika mykóz

1.22 Mykotoxikózy

1.22.1 Mykotoxíny
1.22.2 Akútne primárne mykotoxikózy
1.22.3 Chronické primárne mykotoxikózy
1.22.4 Sekundárne mykotoxikózy
1.22.5 Najvýznamnejšie mykotoxíny

1.23 Mykoalergie

Prejavy alergie a jej liečba
1.24 Antimykotika

1.24.1 Obecná charakteristika antimykotik
1.24.2 Polyenová antimykotika
1.24.3 Azolová antimykotika
1.24.4 Echinokandiny
1.24.5 Antimetabolity
1.24.6 Antimykotika inhibující mitotické vřeténko
1.24.7 Allylaminová antimykotika
1.24.8 Další lokální antimykotika
1.24.9 Antimikrobiální terapie pneumocystózy

Kapitola 2 Imunitný systém
Kapitolu zostavil Milan BUC

2.1 Vlastnosti imunitného systému

2.1.1 Vlastnosti imunitnej odpovede
2.1.2 Morfológia imunitného systému
2.1.3 Bunky imunitného systému
2.1.4 Principiálne solubilné molekuly imunitného systému
2.1.5 HLA-komplex a povrchové molekuly leukocytov
2.1.6 Základné princípy adaptívnej imunitnej odpovede

2.2 Imunitná odpoveď na mikroorganizmy

2.2.1 Obrana proti extracelulárne parazitujúcim baktériám
2.2.2 Obrana proti intracelulárne parazitujúcim baktériám
2.2.3 Obrana proti vírusom

2.3 Aktívna a pasívna imunizácia

2.3.1 Vakcinácia
2.3.2 Vírusom podobné častice – VLP-vakcíny
2.3.3 Vektorové vakcíny
2.3.4 DNA-vakcíny
2.3.5 Vakcíny využívajúce mRNA
2.3.6 Adjuvanciá
2.3.7 Vakcinácia v detskom veku, starobe a pri imunosupresívnej liečbe
2.3.8 Pasívna imunizácia

Kapitola 3 Špeciálna MIKROBIOLÓGIA

Špeciálna bakteriológia
Zostavila Lívia SLOBODNÍKOVÁ

3.1 Streptococcus

Streptococcus pyogenes
Streptococcus agalactiae
Ostatné beta-hemolytické streptokoky
Streptococcus pneumoniae
Viridujúce streptokoky
Laboratórna diagnostika streptokokových infekcií
3.2 Enterococcus

3.3 Staphylococcus a ďalšie aeróbne a fakultatívne anaeróbne grampozitívne koky

Staphylococcus aureus
Koaguláza-negatívne stafylokoky
Laboratórna diagnostika chorôb stafylokokovej etiológie
Terapia a prevencia chorôb stafylokokovej etiológie
Ďalšie aeróbne a fakultatívne anaeróbne grampozitívne koky
3.4 Bacillus

Bacillus anthracis
Bacillus cereus
Ďalšie druhy rodu Bacillus
3.5 Listéria a ďalšie grampozitívne paličky

Listeria monocytogenes
Erysipelothrix rhusiopathiae
3.6 Mycobacterium a príbuzné acidorezistentné baktérie

Rod Mycobacterium
Rod Nocardia
Rod Rhodococcus
Ostatné slabo acidorezistentné mikroorganizmy
Niektoré príbuzné neacidorezistentné aktinobaktérie
3.7 Corynebacterium a Arcanobacterium

Rod Corynebacterium
Arcanobacterium haemolyticum
3.8 Neisseria a príbuzné rody – Eikenella, Kingella

Rod Neisseria
Eikenella corrodens
Kingella kingae
3.9 Enterobacterales

Rod Escherichia
Rod Shigella
Rod Salmonella
Rod Yersinia
Rod Klebsiella
Rody Proteus, Morganella a Providentia
Rody Enterobacter, Pantoea, Cronobacter, Serratia a Citrobacter
Rod Plesiomonas
3.10 Vibrio a Aeromonas

Rod Vibrio
Rod Aeromonas
3.11 Haemophilus a príbuzné rody – ActinoBacillus, Aggregatibacter, Pasteurella

Rod Haemophilus
Rod Actinobacillus
Rod Aggregatibacter
Rod Pasteurella
3.12 Gramnegatívne nefermentujúce baktérie

Rod Pseudomonas
Rod Acinetobacter
Rod Moraxella
Stenotrophomonas maltophilia
Rod Burkholderia
Ďalšie rody gramnegatívnych nefermentujúcich paličiek
3.13 Gramnegatívne mikroaerofilné paličky – Campylobacterales

Campylobacteraceae
Helicobacteraceae
3.14 Kultivačne náročné gramnegatívne baktérie

Rod Bordetella
Rod Legionella
Rod Cardiobacterium
Rod Bartonella
Rod Brucella
Rod Francisella
Kultivačne náročné baktérie, vyvolávajúce ochorenia človeka po uhryznutí zvieraťom
3.15 Anaeróbne baktérie

Sporulujúce anaeróbne grampozitívne paličky – rod Clostridium a Clostridioides
Nesporulujúce anaeróbne baktérie
Laboratórna diagnostika anaeróbnych infekcií
3.16 Spirochéty – rod Treponema, Borrelia a Leptospira

Rod Treponema
Rod Borrelia a Borreliella
Rod Leptospira
3.17 Mollicutes – Mycoplasma a Ureaplasma

3.18 Striktne intracelulárne baktérie – Rickettsia, Orientia, Coxiella, Ehrlichia a Anaplasma

Rickettsia a Orientia
Rod Coxiella
Rody Ehrlichia a Anaplasma
3.19 Chlamydia

3.20 Cyanobacteria

Špeciálna virológia
Zostavila Adriána Liptáková

3.21 Papilomavírusy a polyomavírusy

Polyomavírusy
3.22 Adenovírusy

3.23 Herpesvírusy

Herpes simplex vírus 1 a 2 (HSV- 1 a HSV- 2)
Varicella zoster vírus (VZV)
Vírus Epsteina – Barrovej (EBV)
Ľudský cytomegalovírus (CMV)
Ľudský herpesvírus 6 a 7 (HHV-6, HHV-7)
Ľudský herpesvírus 7
Ľudský herpesvírus 8 (HHV-8)
3.24 Poxvírusy

3.25 Parvovírusy

3.26 Pikornavírusy

Enterovírusy
Rhinovírusy
3.27 Koronavírusy a norovírusy

Koronavírusy
Norovírusy
3.28 Paramyxovírusy

Paramyxoviridae
3.29 Orthomyxovírusy

Infuenzavírus A
3.30 Rhabdovírusy

Rod Lyssavírus
Rod Vezikulovírus
3.31 Filovírusy a Bornavírusy

Filovírusy
Bornavírusy
3.32 Reovírusy

Orthoreovírus
Rotavírus
Coltivírus
Orbivírus
3.33 Togavírusy

3.34 Flavivírusy

3.35 Bunyavírusy a Arenavírusy

Bunyaviridae
Arenaviridae
3.36 Retrovírusy

Lentivirinae
Onkovirinae
3.37 Vírusy hepatitíd

3.38 Prióny

Genetická forma Creutzfeldtovej – Jakobovej choroby
Nový variant Creutzfeldtovej – Jakobovej choroby
Špeciálna parazitológia
Zostavil František Ondriska

3.39 Parazitické prvoky

3.39.1 Črevné a urogenitálne prvoky
3.39.2 Tkanivové a krvné prvoky

3.40 Platyhelminthes – ploskavce

3.40.1 Trematodes – motolice
3.40.2 Cestodes – pásomnice

3.41 Nematoda – hlístovce

3.41.1 Črevné nematoda
3.41.2 Tkanivové nematoda
3.41.3 Filárie

3.42 Parazitické článkonožce (Arthropoda)

3.42.1 Roztoče – acarina
3.42.2 Hmyz – insecta

Špeciálna mykológia
Zostavil Filip Růžička

3.43 Povrchové a kožní mykózy

3.43.1 Obecná charakteristika
3.43.2 Dermatofyty
3.43.3 Kožní kandidózy
3.43.4 Povrchové mykózy
3.43.5 Diagnostika a terapie kožních a povrchových mykóz

3.44 Kvasinkovité mikromycety

3.44.1 Obecná charakteristika
3.44.2 Rod Candida
3.44.3 Ostatní rody kvasinek

3.45 Rod Pneumocystis

3.46 Podkožné a hĺbkové infekcie vyvolané vláknitými hubami

3.46.1 Mukormykózy
3.46.2 Aspergilózy a iné hyalohýfomykózy
3.46.3 Feohýfomykózy
3.46.4 Mycetómy a chromoblastomykóza

3.47 Původci endemické mykóz, dimorfní mikromycety

3.47.1 Obecná charakteristika
3.47.2 Diagnostika a terapie endemických mykóz
3.47.3 Endemické mykózy a jejich původci

Kapitola 4 Ľudský mikrobióm
Kapitolu zostavila Katarína ČUROVÁ

4.1 Ľudský mikrobióm – úvod

4.2 Zloženie ľudského mikrobiómu, jeho formovanie a vplyv na zdravie človeka

4.3 Gastrointestinálny mikrobióm

4.3.1 Fyziológia gastrointestinálneho traktu vo vzťahu k mikrobiómu
4.3.2 Zloženie gastrointestinálneho mikrobiómu
4.3.3 Význam gastrointestinálneho mikrobiómu
4.3.4 Gastrointestinálny mikrobióm a ochorenia

4.4 Orálny mikrobióm

4.4.1 Fyziológia ústnej dutiny vo vzťahu k mikrobiómu
4.4.2 Zloženie orálneho mikrobiómu
4.4.3 Význam orálneho mikrobiómu
4.4.4 Orálny mikrobióm a ochorenia

4.5 Respiračný mikrobióm

4.5.1 Fyziológia dýchacích ciest vo vzťahu k mikrobiómu
4.5.2 Zloženie respiračného mikrobiómu
4.5.3 Význam respiračného mikrobiómu
4.5.4 Respiračný mikrobióm a ochorenia

4.6 Kožný mikrobióm

4.6.1 Fyziológia kože vo vzťahu k mikrobiómu
4.6.2 Zloženie kožného mikrobiómu
4.6.3 Význam kožného mikrobiómu
4.6.4 Kožný mikrobióm a ochorenia

4.7 Urinárny mikrobióm

4.7.1 Fyziológia močových ciest vo vzťahu k mikrobiómu
4.7.2 Zloženie urinárneho mikrobiómu
4.7.3 Význam urinárneho mikrobiómu
4.7.4 Urinárny mikrobióm a ochorenia

4.8 Mikrobióm reprodukčného traktu

4.8.1 Fyziológia reprodukčného traktu vo vzťahu k mikrobiómu
4.8.2 Zloženie mikrobiómu reprodukčného traktu
4.8.3 Význam mikrobiómu reprodukčného traktu
4.8.4 Mikrobióm reprodukčného traktu a ochorenia

Kapitola 5 Klinická mikrobiológia
Kapitolu zostavila Miroslava HORNIAČKOVÁ

5.1 Infekcie horných dýchacích ciest

5.2 Infekcie dolných dýchacích ciest

5.3 Infekcie srdcovocievneho systému a krvi

5.4 Infekcie centrálneho nervového systému

Klinické choroby
Mikrobiologická laboratórna diagnostika infekcií CNS
5.5 Infekcie oka

Klinické ochorenia
5.6 Infekcie rán, mäkkých tkanív a dutiny brušnej

Infekcie rán
Špecifické typy infekcií rán
Infekcie mäkkých tkanív
5.7 Infekcie kostí a kĺbov

Epidemiológia, patogenéza a pôvodcovia infekcií kostí a kĺbov
5.8 Infekcie spôsobené anaeróbnymi baktériami

5.9 Infekcie kože

Infekcie kože spôsobené baktériami
Infekcie vlasových folikulov
Hlboké infekcie kože
5.10 Infekcie ohrozujúce vývoj plodu a novorodenca

Fyziológia a štruktúra
Patogenéza a imunita
Epidemiológia
5.11 Infekcie genitálneho traktu a pohlavne prenosné ochorenia

Bakteriálni pôvodcovia infekcií genitálneho traktu
Mykoplazmové infekcie
Mykotické infekcie genitálneho traktu
Infekcie spôsobené vírusmi
5.12 Infekcie močových ciest

5.13 Infekcie gastrointestinálneho traktu, gastoroenteritídy, infekčná hnačka

Ezofagitída
Gastritída
Gastroenteritída, akútna hnačka
Vírusové gastroenteritídy a hnačky
Bakteriálne gastroenteritídy a hnačky
Parazitárne gastroenteritídy a hnačky
Dyzentéria
Otravy z potravín
5.14 Infekcie pečene a hepatobiliárneho systému

Vírusoví pôvodcovia infekcií pečene
Mykotické infekcie pečene
Infekcie pečene spôsobené parazitmi
Infekcie žlčníka a žlčových ciest
5.15 Nozokomiálne infekcie

Klinické choroby
5.16 Infekcie u imunosuprimovaných pacientov

Infekcie u pacientov s nedostatočnou prirodzenou imunitou pôsobením fyzických faktorov
Infekcie spojené so sekundárnym získaným – adaptívnym imunodeficitom
Dôležité oportúnne patogény
5.17 Infekcie súvisiace s biofilmom a cudzím telesom

Pôvodcovia infekcií spojených s tvorbou biofilmu
5.18 Infekcie zapríčinené biologickou zbraňou

Rozdelenie biologických zbraní
Biologické agensy proti ľuďom
5.19 Princípy racionálnej antimikrobiálnej liečby

Mykotické infekcie
Antimykotiká
5.20 Infekcie v dutine ústnej

Mikrobiológia ústnej dutiny
Orálny mikrobióm
Zubný kaz
Infekcia zubnej drene
Infekcie parodontu
Odontogénne infekcie fasciálnych priestorov
Osteomyelitída a osteonekróza čeľustí
Infekcie slinných žliaz
Odontogénna sínusitída
Zubné implantáty