Děj Kryptonomikonu se odvíjí souběžně ve dvou časových rovinách: za druhé světové války a na přelomu tisíciletí. V kapitolách ze starší doby vystupuje mimo jiné Lawrence Pritchard Waterhouse, matematický génius, který má za úkol zamaskovat skutečnost, že Spojenci prolomili proslulou německou šifru Enigma.
Mladý frát Erasmas žije se svými přáteli za zdmi koncentu Svante Edhara, útočiště vědců, matematiků a filozofů, jehož tisíciletími prověřené rituály a řád se zdají být neotřesitelné vlivy ze záhradbí, kde mohou vznikat a zanikat města a říše, aniž by to do chodu koncentu nějak výrazněji zasáhlo.
