V atlase jsou představeny všechny původní druhy ryb, obojživelníků a plazů včetně druhů dnes již vymizelých. Oproti starším atlasům jsou do této publikace zařazeny i druhy neúmyslně zavlečené nebo záměrně introdukované či vypuštěné z chovu do přírody, výjimečně pak i druhy, jejichž výskyt sice ještě nebyl doložen, ale nelze jej s jistotou vyloučit.