V transmisní (prozařovací) elektronové mikroskopii (TEM), která se používá jak v materiálových, tak i v biologických laboratořích, došlo v posledních letech k výraznému pokroku. Byly vyvinuty nové experimentální techniky, jako jsou pozorování s atomovým rozlišením, elektronová holografie, elektronová tomografie, difrakce s rotujícím svazkem atd.