Poté, co zahlédl demonstraci Narutových schopností se po chvíli váhání Sasuke rozhoduje opustit Konohu a následovat čtveřici nindžů ze Skryté zvučné, kteří ho doprovodí k Oročimaruovi. Takový krok není možné nechat bez odezvy a tak Cunade vysílá čerstvě povýšeného Šikamarua na první misi. Jeho úkolem je sestavit vlastní tým a přivést Sasukeho zpět.
Cunade se ujímá své role v čele Konohy, ale nezapomíná prohlédnout zranění Kakašiho, Sasukeho a Leeho. Zatímco první dva se uspokojivě uzdravují, Leeho čeká otřesná zpráva. Jeho kariéra nindži předčasně končí. Jedinou šancí je náročná operace, při které může zemřít. Mezitím se život v Konoze pozvolna vrací do starých kolejí.
Cunade, geniální medička ze Skryté listové, po dlouhém váhání souhlasí s tím, že přijme titul páté Hokage. Oročimaru neváhá a pouští se do útoku. Na místo střetnutí však záhy doráží i Džiraija. Po mnoha letech se tak opět setkává Legendární trojka Skryté listové.
Naruta, Sasukeho a Sakuru čeká největší úkol jejich života – začít spolupracovat jako tým. Pokud mají přežít, musí se naučit bojovat společně a ne každý sám za sebe nebo dokonce proti sobě. A budou si muset pospíšit. Právě dostali svou první misi. Zdánlivě jednoduchou, ale ve světě nindžů není nic takové, jak se zdá!
Pátrání po nové Hokage je u konce, Narutův trénink bohužel nikoliv. Stejně jako se čakra odmítá poddat jeho vůli, odmítá se i Cunade stát se další hokage. Navíc se na scéně objevuje Oročimaru, který má pro Cunade nabídku, kterou lze jen stěží odmítnout. Po dlouhých letech se tak setkává celá Legendární Trojka a země se otřásá pod náporem jejich hněvu.
Sasuke se setkává se svým dlouho pohřešovaným bratrem a není to zrovna přátelské setkání. V bitvě šaringanů se pomalu odkrývá tragická historie rodu Učihů a Džiraja má co dělat, aby udržel situaci pod kontrolou. Kdo jsou vlastně Akacuki a proč se zajímají o Naruta?
Boje vrcholí a Skrytá listová se zvolna probouzí z noční můry. Nepřítel ustupuje a Naruto se s přáteli vítězně vracejí. Ale není to veselý návrat. Po hanebné zradě a vpádu cizích nindžů zůstává mnoho zraněných a Konoha pohřbívá své mrtvé.
Sasuke se pokouší pokračovat v souboji, který s Gaarou začal na půdě arény, ale jeho útoky jen prohlubují Gaarovo bojové šílenství a touhu po krvi. Do boje se přidává i Naruto a ve snaze ochránit své přátele ze sebe vydává vše, co se až doposud naučil. Teď proti sobě stojí dva nositelé démonů a okolní les se otřásá pod náporem jejich úderů.
Zrada otřásá Konohou a uvězněný Hokage bojuje o záchranu své vesnice i vlastní život. Proti němu stojí zákeřný pletichář a jeho bývalý student, legendární Oročimaru, který si z používání zakázaných technik hlavu nedělá.
Zkoušky vrcholí, na půdě arény proti sobě konečně stojí Sasuke s Gaarou. Žádný z nich neumí prohrávat, oba schopnostmi dalece překonávají vrstevníky. Boj mezi nimi slibuje nevšední zážitek a přehlídku nindžovského umění vyhrazeného dospělým bojovníkům. Zároveň se kolem arény začínají stahovat jednotky ANBU, které tuší zradu.
Před zraky důležitého publika začíná finální část čúninské zkoušky. Naruto proti Nedžimu. Lempl a srandičkář proti nejsilnějšímu nindžovi předchozího ročníku. Podaří se Narutovi dostát slibu pomstí Hinatu? A proč vlastně Nedžiho ovládá taková odevzdanost a zášť? A jak si povedou ostatní geninové Skryté listové?
V mezičase před závěrečným turnajem potkává Naruto podivného chlapíka, ze kterého se vyklube Ropuší mudrc. S přímočarostí sobě vlastní se Naruto rozhodne, že pod ním chce studovat, a aby toho dosáhl, neváhá použít své nejzákeřnější triky. Každý ze studentů se na turnaj připravuje po svém, ale Naruto musí nejdříve překonat vlastního démona.
Předkolo závěrečného turnaje vrcholí. Do prachu arény proti sobě nastupují Gaara a Rock Lee. Lee se opět pokusí světu dokázat, že tvrdá dřina vyváží a překoná vrozený talent, ale bude mít šanci proti krutosti nezranitelného démona ze Skryté písečné? Jak tento souboj ovlivní rozpis závěrečného kola čúninské zkoušky?
Narutova cesta za titulem nejlepšího nindži pod sluncem pokračuje. Pokračování nelítostných bojů mezi dvaceti nejlepšími bojovníky. Mezi těmi, kteří přežili veškeré čuninské zkoušky se rozhodne v soubojích jeden na jednoho. Někteří už prošli, ale některé to ještě čeká. Zvládne Sakura souboj myslí?
Sedm týmů se dokázalo probojovat lesem smrti do třetího kola zkoušky – ale ještě nemají vyhráno. Účastníků je stále mnoho, takže před posledním kolem nastupují vyřazovací souboje. Od této chvíle bojuje každý sám za sebe. Vše je povoleno, za zabití protivníka žádný postih nehrozí. Na scéně se objevují techniky, s jakými se naši hrdinové dosud nesetkali.
Naruto je kultovní příběh mladého nindžy, který se rozhodl, že se stane tím nejlepším ze všech. Na začátku série se mu spíš daří být nejhorší, ale žádný učený z bambusu nespadl.
V čúninské zkoušce začíná jít do tuhého a mladí geninové z Konohy bojují o holý život. Navíc se začíná naplno projevovat pečeť, kterou Sasukemu vtiskl tajemný Oročimaru. Mají naši hrdinové ještě šanci postoupit do dalšího kola zkoušky? A jak si vedou ostatní týmy? Skutečně jdou některé na smrt?
Naruto je nindža s talentem na maléry a touhou stát se největším bojovníkem svého klanu. První vítězství v boji bylo jen začátek. Teď musí složit nindžovské zkoušky. Písemné. Už to by možná stačilo na to, aby byl Naruto nadobro vyřazený ze hry, ale pro případ, že jimi projde, je tu druhá část testu: cesta všech adeptů hvozdem přátelsky nazvaným Les smrti.
Během svého tréninku na nindži se tři studenti, Naruto, Sakura a Sasuke, ovládli nové bojové techniky, potýkali s nebezpečnými zabijáky a potáceli se na hranici života a smrti. Teď je ale čeká něco mnohem děsivějšího: školní zkoušky. Tři aspiranti na titul nindži jsou přihlášeni do čúninských zkoušek... a pokud je nesloží, nemají šanci na další postup.
Naruto se pomalu mění z třídního šaška v bojovníka... ale teď bude muset udělat další zásadní krok, pokud se chce stát největší nindžou z vesnice Kohona. Stal se svědkem tragédie a roste v něm vztek. A to je pro kluka, který v sobě ukrývá devítiocasého liščího démona, velmi nebezpečné.