Patočkovo myšlení má podobu soustavných rozhovorů s klíčovými osobnostmi evropského duchovního prostoru. Na tomto prostém faktu je založen svazek, který chce čtenáři představit ve dvanácti kapitolách Patočkovy dialogy s mysliteli antického Řecka, německé klasické filosofie i moderní fenomenologie.
Kniha Autonomie v dialogu je součástí širšího projektu, který zkoumá Kantův vynález autonomie prostřednictvím rozhovorů s vybranými postavami evropské filosofické tradice.
Tématem knihy je syntetizující interpretace Kantovy ideje praktické metafyziky, o níž lze hovořit také jako o ideji metafyziky dobré vůle. Tato idea je rozpracována zejména v Kantově Kritice praktického rozumu, ale do jisté míry také v dalších textech věnovaných teoretické a praktické filosofii.