První svazek třetího dílu Fenomenologických spisů zahrnuje nepublikované rukopisy z let 1939–1945, v nichž Patočka dále rozvíjí svou koncepci fenomenologie z konce 30. let: na místo transcendentální subjektivity staví neobjektivovatelné nitro a v souvislosti s tím usiluje o vypracování nové teorie intencionality
Jádro Lovaňských přednášek tvoří výklad tří významných příspěvků k rozvoji moderního vědeckého myšlení, na jejichž vzniku se podílelo prostředí českých zemí. Jde o Keplerovu astronomickou fyziku, Komenského projekt univerzální výchovy a Bolzanovo vědosloví. Spojnicí mezi těmito koncepcemi je ideál sjednoceného vědění.
Druhý svazek třetí části tematického souboru fenomenologických spisů Jana Patočky, tedy druhý svazek textů k fenomenologii, které autor nepublikoval, obsahuje studie, náčrty přednášek, přípravné poznámky a fragmenty nalezené v pozůstalosti z 50. – 70. let 20. století.